1、犯罪动机不同，前者大多是为了争霸一方、私仇宿怨和寻求精神刺激等流氓动机而破坏公共秩序，后者则多是为了实现个人某种不合理的要求，如分房、调工作等而破坏公共秩序。
2、情节要求不同，前者不要求情节严重，后者要求情节严重，必须致使工作、生产、营业和教学科研无法进行，造成严重损失，否则不构成犯罪。
3、两者犯罪方法不同，聚众斗殴罪的犯罪方法一般是暴力方法，而聚众扰乱社会秩序罪除了暴力方法外，还可以是非暴力方法。